Le Point : « Sous la fable, le réalisateur Antoine Lanciaux, déjà scénariste de La Prophétie des grenouilles, a aussi glissé sa propre blessure : celle d'être l'enfant d'une mère abandonnée, d'être devenu obsédé par la quête identitaire. Il signe ici un joyau d'émotion pure : une œuvre qui évoque la malice et le goût aventureux de l'enfance, avec une tendresse qui éclaire longtemps après la dernière image. » Alice Durand
Abus de Ciné : « Poétique et mystérieux, "Le Secret des mésanges" ménage son suspense avec intelligence, offrant un spectacle d’une rare beauté à chaque scène, et prouve que l’animation artisanale a encore de beaux jours devant elle, pour émerveiller petits comme grands. Un trésor de l’animation en papier découpé. » Olivier Bachelard
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Il s’agit du premier long-métrage d’animation d’Antoine Lanciaux qui avait jusqu’ici essentiellement réalisé des courts-métrages comme L’été de Boniface (2011), L’automne de Pougne (2012) ou Neige (2015). Le Secret des mésanges a été réalisé en papier découpé ou technique "cut-out" qui permet de créer une animation 2D à partir d'objets très concrets : "Tout le charme de cette technique d’animation réside dans la simplicité de ses formes et l’humilité des matériaux utilisés — papier, carton, tissu... Ici, l’imagination est la seule frontière", selon les propos du réalisateur. Cela a nécessité 10 395 heures de travail réparties sur 17 personnes pour la création des pantins et 8 232 heures de travail pour les décors.
